Anglicky: A New Set of SSR Markers Combined in One Reaction for Efficient Genotyping of the Hexaploid European Plum (Prunus domestica L.)
Zdroj: Čmejlová J, Pluhařová K, Krška B. 2025. A New Set of SSR Markers Combined in One Reaction for Efficient Genotyping of the Hexaploid European Plum (Prunus domestica L.), Plants, 14.
Klíčová slova: "ssr markery; genotypování; fragmentační analýza; švestka domácí"
Dostupný z: https://doi.org /10.3390/plants14152281
Genotypování je proces, při kterém se na základě analýzy DNA vytvoří genetický profil, který je pro každou odrůdu unikátní. Pro genotypování se využívají variabilní oblasti v genomu a nejčastěji tzv. SSR (Simple Sequence Repeat, opakování krátké sekvence). Konkrétní SSR oblast se označuje jako marker a mezi jedinci se liší délkou danou různým počtem opakování přítomné krátké sekvence. Vybrané SSR oblasti se amplifikují metodou PCR a analyzuje se délka příslušných úseků DNA, přičemž různě dlouhé úseky se nazývají alely. Kombinací souboru alel několika SSR markerů pak vzniká unikátní genotyp odrůdy. Stanovení genotypu je relativně jednoduché u diploidních organizmů, ale u polyploidních organizmů se jedná o komplikovaný proces, neboť přítomnost více sad chromozomů významně komplikuje analýzu. Tento problém byl nyní úspěšně vyřešen pro švestku domácí (Prunus domestica L.), která je hexaploidní (má 6 sad chromozomů). Byla provedena analýza 78 SSR markerů z různých druhů rodu Prunus a na základě výsledků bylo vybráno 8 nejlepších markerů, které byly vysoce heterogenní (průměrně bylo přítomno 35 alel/genotyp) a přitom byly relativně snadno hodnotitelné. V dalším kroku bylo provedeno zkombinování vybraných markerů do jediné reakce (namísto 8 jednotlivých), takže genotypování švestek lze nyní provádět rychle, jednoduše a efektivně, což minimalizuje chybovost, šetří čas, práci i náklady za analýzu, a navíc je metoda jednoduše přenositelná mezi laboratořemi. K tomu byl vytvořen i atlas alel pro jednotlivé SSR markery, který usnadní zavedení a verifikaci této metody v laboratořích. Metoda byla ověřena a validována na 242 unikátních genotypech slivoní. A k čemu lze genotypování využít? Zejména pro ověřování odrůd, takže uplatnění najde hlavně mezi šlechtiteli a pěstiteli slivoní, ale také u kurátorů genofondových sbírek nebo ji mohou využít dozorové orgány, které dohlížejí na dodržování legislativy týkající se odrůdové pravosti. Přestože je metoda určena pro hexaploidní švestku domácí, lze ji též využít i pro odlišení diploidních slivoní (např. slivoň vrbová nebo myrobalán) či mezidruhových hybridů rodu Prunus, které se často pěstují společně a některé odrůdy jsou podobné švestce domácí.
